Filogenia

El siguiente cladograma representa las relaciones filogenéticas entre los diversos filos de animales.

Está basada en la segunda edición de Brusca & Brusca (2005); se trata de una hipótesis filogenética "clásica" en la que se reconocen los grandes clados admitidos tradicionalmente (pseudocelomados, articulados, etc.) y asume la teoría colonial como la explicación sobre el origen de los metazoos.

Choanoflagellata
Animalia
Parazoa
Porifera
Placozoa
Eumetazoa
Cnidaria
_______
Ctenophora
Bilateria
Protostomia
Acoelomata
Platyhelminthes
Schizocoelomata
Nemertea
Sipuncula
Mollusca
Echiura
Articulata
Annelida
____
Onychophora
____
Tardigrada
Arthropoda
Gnathostomulida
Entoprocta
Cycliophora
Rotifera
Acanthocephala
Pseudocoelomata
Gastrotricha
Nematoda
Nematomorpha
Priapula
Kinorhyncha
Loricifera
Deuterostomia
Lophophorata
Phoronida
Ectoprocta
Brachiopoda
Chaetognatha
Echinodermata
Hemichordata
Chordata
____
Vertebrata
Cephalochordata
Urochordata

Según el punto de vista que se acaba de exponer, los bilaterales se subdividen en cuatro grandes linajes:
*Protóstomo acelomados.
*Protóstomo esquizocelomados.
*Protóstomo seudocelomados.
*Deuteróstomos.

Las modernas técnicas de sucuenciación de bases del ADN junto con la metodología de la cladística han permitido reinterpretar las relaciones filogenéticas de los distintos filos animales, lo que ha conducido a una revolución en la clasificación de los mismos; aún no hay un acuerdo unánime sobre el tema, pero son cada vez más los zoólogos que admiten la nueva clasificación; así, la mayoría de los bilaterales parecen pertenecer a uno de estos cuatro linajes:
* Deuteróstomos.
* Ecdisozoos.
* Platizoos.
* Lofotrocozoos.